Moduł antywirusowy łączy w sobie szereg funkcji, które zapobiegają przedostawaniu się do sieci niechcianych lub potencjalnie niebezpiecznych plików. Funkcje te działają na różne sposoby, np. sprawdzają rozmiar pliku, jego nazwę, typ pliku czy obecność sygnatury wirusa lub greyware. Przy tym wszystkie mechanizmy antywirusowe mają jednoczesny dostęp do ruchu, co zapewnia, że wiele operacji może odbywać się niemal równocześnie. To znacznie zwiększa wydajność silnika antywirusowego.

• High Peformance AntiVirus: Zoptymalizowana technologia antywirusowa Fortinet wykorzystuje połączenie modułów wykrywania sygnaturowego i heurystycznego, aby zapewnić wielowarstwową ochronę w czasie rzeczywistym przed wieloma formami ataków. Niezwykle wysoka wydajność systemu jest osiągana dzięki wykorzystaniu zintegrowanego procesora treści (CP) FortiASIC wraz z opatentowaną przez Fortinet technologią znaną jako CPRL lub Content Pattern Recognition Language, do przyspieszonego skanowania plików wirusów i wykrywania heurystycznego/anomalii.
• Techniki antywirusowe: W zależności od wymaganego poziomu ochrony, można aktywować różne instancje do skanowania przychodzących danych w poszukiwaniu złośliwego oprogramowania. Rozróżnia się skanowanie według wzorca, skanowanie grayware i analizę heurystyczną. Podczas gdy dwie pierwsze procedury sprawdzają znane definicje wirusów, ostatnie mogą również wykrywać mutacje znanych wirusów lub zupełnie nowe sygnatury wirusów.
• Aktualizacje w czasie rzeczywistym: skuteczność rozwiązania antywirusowego mierzy się nie tylko jego przepustowością czy wskaźnikiem wykrywalności, ale także szybkością docierania aktualizacji sygnatur. Poprzez sieć dystrybucji FortiGuard (FDN) informacje te są stale aktualizowane i dostarczane w czasie rzeczywistym. Proces ten jest automatyczny i nie wymaga interwencji administratora. Dla porównania, silnik AV firmy Fortinet konsekwentnie plasuje się w pierwszej piątce dostawców rozwiązań antywirusowych.